วัคซีนไข้สมองอักเสบเจอี โดยทั่วไปถือว่าปลอดภัยและได้รับการยอมรับได้ดี ผลข้างเคียงที่พบได้ทั่วไปมักจะเป็นอาการเล็กน้อย ซึ่งอาจรวมถึง:

• การตอบสนองที่บริเวณที่ฉีด: อาจรู้สึกเจ็บ แดง หรือบวมที่บริเวณที่ได้รับการฉีด

• ไข้: อาจมีไข้ต่ำเกิดขึ้นในระยะเวลาสั้น ๆ หลังการฉีดวัคซีน

• ปวดหัว: บางคนอาจรู้สึกปวดหัวเล็กน้อย

• อ่อนเพลีย: รู้สึกเหนื่อยหรือไม่สบายเล็กน้อยในช่วงระยะเวลาสั้น ๆ

ผลข้างเคียงที่รุนแรงนั้นพบได้ยาก แต่สามารถเกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้รุนแรงได้

โดยรวมแล้ว ประโยชน์ของการได้รับวัคซีนเพื่อป้องกันโรคไข้สมองอักเสบเจอีนั้นเหนือกว่าความเสี่ยงจากผลข้างเคียงที่เล็กน้อยและสามารถจัดการได้เหล่านี้อย่างมาก